Der BFP ist eine evangelische Freikirche und eine Körper­schaft des öffentl­ichen Rechts (KdöR). Er hat eine kongregation­alistisch-synodale Struktur mit der Bundeskonferenz als wichtigstem Entscheid­ungs­gremium. Die Delegierten, Pastoren und Mitarbeiter der Gemeinden und Werke im BFP bilden Regionen und Verbände. Innerhalb dieser Regionen und Verbände ist das gemeinsame Kennen und Dienen, die Gemeinschaft und das geistliche Miteinander von tragender Bedeutung.

Die Leitung des Bundes geschieht durch den Vorstand und das Präsidium. Für die Ver­waltung und die Rechts­­geschäfte ist der geschäfts­führende Vorstand verantwortlich.

Mitgliedschaft im BFP wird wesens­mäßig als „Bruderschaft“ verstanden, in die man theologisch, beziehungs­mäßig und verbindlich eingebettet ist und in der man einander ergänzt und hilft.